Die Förderungsrichtlinien gelten grundsätzlich für alle Förderungsprogramme des FWF. Für Programme, die auf vertraglicher Basis im Namen und auf Rechnung des Bundes oder Dritter abgewickelt und durchgeführt werden (vgl. § 2b. Ziff. 5 iVm § 2a. Ziff. 4 FTFG idgF) können unter Beachtung des gesetzlichen Wirkungsbereichs des FWF abweichende Richtlinien definiert werden.

Programmspezifische Eigenheiten sind jeweils in den ausführenden programmspezifischen Antragsrichtlinien definiert. Diese betreffen Formerfordernisse, Qualifikationsvoraussetzungen der Projektleitung, Beurteilungskriterien und -verfahren, Beschränkungen der Anzahl der laufenden Förderungen, Kostenkategorien und Regelungen der Geräteanschaffungen, Erfordernisse des Berichtswesens sowie Ausnahmen vom Doppelförderungs- bzw. -finanzierungsverbot.